C'est sûr que si vous voulez jouer les "aventuriers" et découvrir vraiment le Japon, sans vous ruiner, il vaut mieux prendre un Japan Rail Pass avant de partir... ce qui vous permettra d'utiliser GRATUITEMENT tous (sauf le Nozomi) les trains de la compagnie Japan Rail (équivalent de la SNCF) !!!
Vous avez bien entendu ! A vous le confort du le Shinkansen ! Et cela gratuitement ! Ahahah c'est trop de bonheur !
Le Japon étant le pays du rail, vous pourrez explorer sans problème les coins les plus reculés (mais aussi Tokyo intra-muros) en utilisant les "petites" lignes JR... mais aussi les ferry de la compagnie tel que celui qui va sur l'île de Miyajima.

Il existe bien d'autres moyens pour se rendre au Japon, mais l'avion reste tout de même le meilleur choix...
En vol direct (je recommande cette solution) cela vous demandera quand même environ 12h00 de patience... autant vous dire qu'il vaut mieux choisir des places stratégiques histoire d'étendre un peu les jambes et ne pas rester coincer tout le voyage...
Le choix de la compagnie est à votre bon grés... je recommande généralement les compagnies japonaises JAL ou ANA pour le vol direct et le service à bord, mais d'autres compagnies telle que Cathay Pacifique sont reconnues pour leur qualité d'accueil...