Ben je déconseille vivement d'utiliser un tour opérateur... de toute façon ils sont plutôt rare pour cette destination... et c'est tant mieux !
La plupart des voyages organisés que vous trouverez en agence, vous propose des tours, mais quasiment jamais accompagnés. Les billets hôtels & co. sont réservés, mais à vous de vous débrouiller tout seul sur place...
Pas de panique ! Le Japon a beaucoup investi dans l'accueil des touristes depuis la coupe du monde de foot 2002, et a lancé la grande campagne Yôkoso Japan... alors, mis à part si vous aimez vous laisser guider et que l'on organise tout pour vous, ouvrez quelques guides et sites Internet, réservez vos hôtels avant de partir (si vous êtes du genre stressé... les autres ne réserveront que les premières nuits) et découvrez le Japon qui VOUS intéresse à votre propre rythme

Il existe bien d'autres moyens pour se rendre au Japon, mais l'avion reste tout de même le meilleur choix...
En vol direct (je recommande cette solution) cela vous demandera quand même environ 12h00 de patience... autant vous dire qu'il vaut mieux choisir des places stratégiques histoire d'étendre un peu les jambes et ne pas rester coincer tout le voyage...
Le choix de la compagnie est à votre bon grés... je recommande généralement les compagnies japonaises JAL ou ANA pour le vol direct et le service à bord, mais d'autres compagnies telle que Cathay Pacifique sont reconnues pour leur qualité d'accueil...